Školské roky

Payton sa narodil v Oaklande, v Kalifornii. Na strednej škole hral za Skyline High School vo svojom bydlisku, spolu s ďalším bývalým hráčom NBA, Gregom Fosterom. Na vysokú školu sa vybral na Oregonskú štátnu univerzitu. V druhom ročníku boli však Paytonove známky také zlé, že ho z tímu vylúčili. Otec ho však povzdubil a povedal mu, nech sa zameria na školu aby sa do tímu mohol vrátiť. Počas jeho ďalších štúdii sa stal najviac vyznamenávaným basketbalistom univerzity. Počas jeho záverčného ročníka bol 5. marca 1990 na obálke prestížneho magazínu Sports Illustrated predstavený ako najlepší vysokoškolský hráč. Na vysokej škole tak isto zozbieral niekoľko výberov do najlepších tímov, trikrát získal cenu MVP v turnaji Far West Classic a dostal sa aj do výberu najlepšiho tímu poslednej dekády. V čase dokončenia svojho štúdia držal univerzitný rekord v počte bodov, trojok, asistencií a stealov (jediný rekord, ktorý ešte stále drži). Do športovej Siene slávy univerzity sa dostal v roku 1996.